在《四十九日祭》开播之前，已经有张艺谋的电影《金陵十三钗》珠玉在前，电视剧版如何做出自己的特色？
首要的区别在于剧本容量。严歌苓表示，受篇幅所限，电影版必须舍弃很多对南京大屠杀的思考，电视剧版中，严歌苓新增了大量素材和新鲜感受，将原著改为长篇，并把她多年来对南京大屠杀的研究纳入其中。情节和角色设置上也有许多的调整，电视剧增加了前史和后史，人物故事也会有一些改编。电视剧中同样有神父，有宗教，有租界里各式各样的外国人，但电影版中的外国神父在电视剧中变成了由张嘉译饰演的伪神父中国人法比。剧版要表现的主题之一是，你是什么族群就是什么族群，永远不要奢望别人来救你，外国的神无法救中国的人。剧版中，女主角玉墨不会说英语，她没有凋零而是作为战后幸存者参与了大屠杀清算，女学生书娟也比电影版更阴郁。严歌苓表示，总体上，剧版更接近原著，小说中的人物和故事能在电视剧里更完整地展现，身为作者和这部剧的编剧，这是我最愿意也最愉悦的一次作品呈现。严歌苓说。
相较于《金陵十三钗》将笔墨更多地放在两个女性群体的命运互换上，《四十九日祭》更关注大屠杀中的群像，张黎说：这部剧中可能没有特别绝对的男一号女一号，多条线索相互勾连，它是群体命运而不是个体命运。张黎表示，《四十九日祭》概括来说，就是几个男人为了身后各自的女人一个个去死的故事。我们希望打捞历史，在大悲剧中挖掘生命本质，真实还原人性的选择和情感力量。