萧芳芳早年曾经与谢贤拍拖,但因性格差异,俩人相恋一年多后,萧芳芳向谢贤提出分手。据谢贤忆述,这是他第一次被女友主动要求分手。
1970年,萧芳芳选择弃影留学美国新泽西州西顿贺尔大学修读大众传播学,后又考取了纽约大学和西顿贺尔大学研究所。并1973年取得了新泽西州西顿贺尔大学大众传播学的学士学位,她的毕业论文《中国电影的回顾与前瞻》获得A级成绩。毕业后曾在NBC电视台当助理编导。
1974年,她与台湾演员秦祥林结婚。然而两人婚后不久便发现彼此的性格、生活方式格格不入,这段婚姻很快以离异告终。
1980年萧芳芳与张正甫结婚,婚后有了两个女儿。1985年,张正甫受邀前往澳大利亚电视台任职,萧芳芳决定弃影跟随丈夫迁居澳大利亚,三年之后才又随夫返回香港。期间她曾在澳大利亚大学念建筑学,后因找不到保姆照看孩子,只好修学。萧芳芳说在她人生的三个身份中,妻子和母亲的角色永远是凌驾于演员之上的。
2013年5月,萧芳芳大女儿张凯琹与美籍丈夫Denyer的儿子出生。首度当外婆的萧芳芳坦言好开心。