1968年,周恩来总理将陈晓鲁送到东北部队中当兵,实际上对他进行保护,以免遭受林彪、“四人帮”对陈毅元帅后代的迫害。陈晓鲁在部队表现很好,根据与周总理的约定,他一去就是3年,从没有给父亲写过一封信。1971年林彪集团的阴谋逐渐败露,长期处于逆境的陈毅同志开始获得比较公正的待遇,不幸的是,刚出现一线希望时,他又染病在身,且是令人震惊的肝癌。3月,沈阳部队司令员准许陈晓鲁回北京探亲,疾病的阴云笼罩着他的一家。“9·13”事变后,父亲再次发病,医治无效,于1972年1月6日逝世。1975年,陈晓鲁被选派到南京大学,成为当时的“工农兵学员”。同年,与父亲的老搭挡原总参谋长粟裕大将的女儿结婚。