邓超的妻子是上海籍电视剧演员孙丽(艺名孙俪,1982年生,33岁)。2011年4月,邓超宣布已于2010年结婚。2011年4月至2012年2月,邓超息影10个月,期间推掉所有片约照顾首度怀孕的妻子。目前育有一子一女,大儿子涵之(小名等等,2011年生),小女儿涵一(小名小花,2014年生)。
邓超的挚友是编剧俞白眉,两人2001年话剧《翠花上酸菜》相识到现在,他们还是事业上的合伙人,合作做喜剧话剧和拍喜剧电影,邓超负责投资和表演,俞白眉负责为邓超量身打造剧本,两人对于喜剧的热爱一拍即合,《分手大师》后开拍第二部“超氏喜剧”《恶棍天使》。
邓超最喜欢的运动是篮球,他和中戏的师兄弟们组了一个篮球队叫“剧人队”,不时约出来打比赛。拍戏的空档,还经常与相熟的圈内朋友组成篮球队切磋球技。
2015年6月,邓超因为“被出轨”一事成为舆论焦点。2015年6月27日,邓超在微博晒出一张立案通知书,并表示:“有些事儿一定要有结果。”据邓超工作人员表示,邓超已经将造谣他出轨的人告上法庭,法庭已经正式受理此案。