自Blitz入侵事件开始的数年之后，虽然世界正在重建，但是轰炸中心依然是废墟状态。在城市中心留下的巨人城废墟，破坏程度最为严重。因为经常发生难以预测的坍塌事故，给拆除和维修工作造成了很大困扰。同时，Blitz的复活再次造成的威胁，使巨人城废墟的重建工作被迫推迟。因此，最合理的选择就是将该地区整个进行隔离。然后有一天，在巨人城废墟上空出现了奇怪的物体。这正八面体的飞行器在没有任何推进器的状态下，固定在空中。“它”竟然避开了连宇宙都能监测到的精密防空网的监控，瞬间出现在空中，并稳稳地漂浮着，仿佛在那里已经存在了几百年一般，甚至像是要永远停留在那里一样。对此，最惊慌的就是GRX。因为万万没想到，自从受到Blitz入侵打击后，部署了防守的地区，竟被如此轻易地瞬间突破。虽然对眼前发生的情况难以置信，但是自从神秘的奇怪飞行器出现后，在无法预知下一秒会发什么事情的情况下，GRX紧急召集了最精锐的要员。
虽然希望这只是杞人忧天，也许不会发生任何事，但是这些都已是徒劳。封印状态的怪物体苏醒后，开始朝着废墟方向喷射未知的能量。尚未到达现场的GRX不禁加快了运输机的航行速度。终于到达现场时，飞行器虽然停止了能量输出，却发生了更令人吃惊的事情。本以为已被全部剿灭干净的“生化兵器”，又以原来的形象出现在眼前。
为了阻止巨人城废墟的噩梦再次发生，GRX的精锐要员各自拿起了武器。
巨人城在当年被袭击后成为了一篇废墟，但经过GRX的抢救，终究是将巨人城保住了，于是后来开始了重建工作，但由于破碎都市事件，这些努力全部付之一炬，于是巨人城的中心，也就是当年轰炸的中心被永远隔离了起来，由于常年无人打理，逐渐沙化。直到诡异飞行器的出现。
到目前为止，还没有对于这个飞行器的后续剧情解释，但在之前我已经讲过巨人城起源的剧情，其实与新巨人城的剧情是息息相关的，故事里提到的飞行器，可能是海泽博士进行所谓时空穿越时的副作用造成的，这就是为什么飞行器复活了当年已经死亡的生化怪物。
这个飞行器可能并不是飞行器，而是由于海泽博士时空穿越造成的某种时空错误，这个东西因为时空错乱，出现在了巨人城，并且利用时空转换复活了当年死亡的怪物。
复活了怪物后，这个飞行器开始散发强大的能量，这个能量可能也是时空穿越造成的。
能量将复活的怪物变得更加强大，首当其冲的就是当年的恐怖怪物泰坦，泰坦因为飞行器的能量，全身发生了莫名变化，变得更加凶残。
于是GRX派出了大量部队进入巨人城的中心，对当年怪物们再次开战，此时的GRX还并不知道这是时空的混乱引起的。