1949年9月，辽沈、淮海、平津三大战役告捷，国民党残部撤往金马岛，第三野战军一部挥师江 南，独立师红六团三营营长王本利和教导员李山魁接到命令，准备跨海登陆作战，不料却折戟沉沙。李山魁牺牲，王本利为了纪念他更名“王山魁”。 “金门海战”的失利让新中国高层决心强大中国海军。
抗美援朝胜利后，王山魁重返红海加入海军，并与医生许锦云结为夫妇。 王山魁潜心学习海军战法，后误打误撞打了一场漂亮海战而扬名，惟双料博士马建成对其嗤之以鼻。
长波台建设过程中，苏方援助中途撤出，王山魁力荐马建成做总工，并意外得知马工竟然是妻子的初恋情人。 长波台试验接连失败，马建成当了逃兵。后王山魁和政委卢信泉力排众议，说服马建成回归。马建成冒死一试，长波台终于研制成功。
卢信泉无意中得知李山魁当年死里逃生，李请求卢保守秘密，并希望儿子李强将来效力海军。
许锦云和王山魁商量为马建成找一个妻子，遭到马严词拒绝。马建成留给许锦云的“遗书”鬼使神差地落在了王山魁的手中。 感情问题在“冷战”中悄然维持，一晃就又是十几年。王山魁之子王海军成了家里矛盾的新焦点。王海军想考大学，但王山魁却执意要儿子参军。协商未果王山魁一怒把儿子送上补给舰当炊事员。马建成终于答应出任509所所长，但要求将极富灵性的王海军送去高考，遭王山魁拒绝。
马建成关于“信息化平台建设”的报告与“解决职工住房”的问题产生了矛盾，在509研究所引起轩然大波，虽有年轻的学者表示赞同，却因人微言轻未受重视。
马建成一气之下拿着行李卷上了补给舰，在海上与王海军巧遇，马建成鼓励王海军要有远大的理想。
王海军提出要脱军装，父子间发生激烈的冲突。
王山魁忽然觉得自己很孤独，每当此时他都会想起“牺牲”在金门海战中的好兄弟李山魁。第一次看到父亲流泪的王海军决定留下。可他在一次部队的演习中出“阴招儿”，被罚禁闭十天。 不料禁闭生活竟改变了王海军的一生，他的学习成绩突飞猛进，无名英雄自然是马建成。
一向高傲的马建成终于放下了架子找卢政委，卢果然解决了3000千万元的经费问题。
李山魁已命悬一线，临死前他希望亲眼见到儿子李强穿上军装。李强考取了海军舰艇学院却被顶替，离休的卢政委过问此事，方知顶替者恰是自己的儿子卢向东。卢政委亲自登门向李山魁道歉，李含笑而逝。
王海军以最优异的成绩考入海军舰艇学院，与李强、卢向东成了著名的三剑客。
在校期间，王海军因“枪口朝内”问题再闯大祸，但父亲的处理方式却令他倍感意外，父子之间的坚冰自此消融。
卢向东不顾父亲反对，跟香港某集团老板孙远征下了海。但经商之路并非一帆风顺，几经坎坷方才谋得一席之地站稳脚跟，之后他为经费窘迫的509研究所做成了一笔于国于民都有 利的大买卖。
马建成此时已是肺癌晚期。王山魁为马建成争取最好的医疗条件，许锦云唯一能做的就是照顾好马建成。
李强因在公交车上见义勇为受伤住院，伤愈后他通过不懈努力成为舰艇教导员并与李美玉结婚，两人的爱情生活艰辛却甜蜜。
王海军去了广州舰院学习，毕业后在王山魁的执意安排下去了最艰苦的南海扫雷舰做副长。
卢向东的远洋航线使公司获得巨大利益，事业蒸蒸日上。
某次随货轮出海时遭遇海匪袭击，被王海军救下，兄弟相见感慨良多。
此后在老首长的直接关怀下，王海军和马玉结婚。信息化平台的模拟也进入关键阶段，强烈的使命感使马建成延续着生命的顽强奇迹。 数年之后，1990年时的王海军和李强分任舰长和政委，成了搭档。两人接到光荣任务——为国产189试航并实战检验189的各种性能。这次试航意味着将中国海军的作战功能全面推向现代电子战和信息战的时代。两人率舰出海，在试航及信息化平台实际操作演练取得重大成功。当众人庆祝之时，听闻喜讯的马建成在岗位上溘然长逝。卢向东回红海投资，在酒店碰到受刁难的李美花，仗义出手相助，惊动警方。卢信泉赶到了解情况后支持向东的行为，父子二人多年的隔阂终于消除。 1995年，王海军率舰单独执行战略实战演习任务，临危不惧逼退强敌，受到嘉奖。而妻子马玉则北京大学研究生毕业，专攻海洋国际法，因成绩优异受导师推荐参加中日谈判小组，就东海及南海开发问题进行旷日持久的谈判。这一年戎马一生的王山魁离休。 王海军与李强毕业后分配至159舰，恰逢159舰全训，刘雨强舰长全体动员，王、李二人各司其职。虽然实际操作全部过关，但因笔试和理论未能及格，刘舰长被淘汰转业。这令王海军和李强见识了海军竞争的残酷性，从而更加刻苦的训练。 时间进入新世纪，国际局势纷繁扰攘，海防重要性越发凸显。“长箭一号”是海军历史上最大规模的威慑性军事演习，演习的特点是完全从突发战争的实战出发，把演习变成红蓝双方斗智斗勇的海上遭遇大对抗。王海军和李强的“英雄舰”担负了特殊的任务：远距离的在舰队射程内游弋，作敌方的“诱饵”。英雄舰与狡猾的敌方长期对峙，王海军诱敌深入，痛击敌人。战斗结束后，返航途中，李强为救战友负重伤，全体官兵黯然落泪。王山魁此时方知李强的身世，百感交集的他前往拜见自己的嫂子，并将李强的妻子和女儿接回家中，了却一桩夙愿。 卢向东在商业谈判中受挫，理解祖国海军的强大对国家利益的重要。王海军在国防大学学习期间提出新的战位的划分方法和理论依据。王海军的论文受到重视，并在实践中不断完善。卢向东在新的定船合同中一定要加上侧开装置，并为此多付出将近四分之一的价钱，但卢向东认为很值，他随时听从祖国的召唤，准备用货轮把海军将士运送到任何需要的地方。2005年联合军事演习，王海军担任指挥，出色完成任务，受到军委和海军总部的嘉奖。与此同时马玉作为中国海洋权益方面的专家受邀在博敖亚洲论坛发表的讲演，受到热烈赞誉以及国内外一致好评。2008年王海军奉命率舰队参加索马里护航任务。