游戏的主角陈靖仇，随师傅陈辅至伏魔山寻找昆仑镜时，不慎放出上古魔兽“饕餮”，陈辅将自己与其一同冰封于洞中，命陈靖仇到雷夏泽寻找公山师伯前来搭救。在经过月河村时，遇到了为救弟弟而自愿当作祭品的白发女孩于小雪，陈靖仇出于正义，救下小雪，但月河村民被愤怒的鲛精杀死大半。村中残余的老少一齐赶走二人，靖仇便与小雪一同展开旅程。陈靖仇找到公山师伯，却得知其已被宇文拓打成重伤，于是陈靖仇决定寻找上古神器神农鼎炼药，医治师伯。
两人行经黑山镇，救下了被妖魔官兵击倒的拓拔玉儿，但玉儿却认为两人与隋军乃是一伙。此时张烈出现，款待两人以示报答。原来神农鼎原是鲜卑族圣物，现却已被宇文拓抢走。拓拔玉儿偷听到张烈搜集回的情报，得知神农鼎在龙舟上，决定冒险抢回神农鼎。众人潜入龙舟上，并得知神农鼎其实是赝品。后来玉儿行刺隋炀帝未果，被陈靖仇救下跳运河逃生。靖仇、小雪与玉儿一同进入山寨夺鼎，不料却被变身成宇文拓的独孤宁珂带走。三人为了调查鼎的下落而到了泰山，此时宇文拓的部队在山顶发动“万灵血阵”，将一座有六万人口的城市完全摧毁。后来三人在河边的小船上遇见独孤宁珂，并拿回了神农鼎。
陈靖仇炼好了药，公山师伯却已病故，于是三人听从师伯的建议前往海上求仙。海上航行时，被受惊的鲸鱼神兽“巨海”吞入，误闯了“氐人族”领地。在氐人族女王的求助下，三人帮忙除去了不断吞食氐人族的黑龙王，但拓跋玉儿却中了黑龙王的计谋，取下崆峒印，破坏了氐人族青春不老的结界。玉儿在极度愧疚下挥刀毁容，以致生命垂危，于是氐人女王带三人前往仙山岛。在仙山岛山路中，拓跋玉儿突然发高烧，即使服用了神农鼎炼化的药也未见起色，小雪为救伙伴毅然割臂献肉终于令玉儿退烧。好不容易在对弈亭找到仙人，仙人却不予理会。陈靖仇和小雪苦苦恳求，仙人终被三人的友谊所感动。隔日仙人命陈靖仇与小雪去取血露蟠桃，不料在取得血露蟠桃时，刑天突然出现，两人不敌，刑天说必斩下一人手臂。两人争着砍自己手臂，此时御剑老仙人出现，原来这只是一个给摘桃者设下的考验。终于，并由古月仙人医好了玉儿，一行人来到伏魔山，救出了陈辅。
三人与陈辅离开仙界，途中遵照白鹿精指示来到长沙，再度遇到独孤宁珂，并毅然决定支持三人阻止宇文拓。经过一连串争夺后，因为宇文拓挟持了陈辅为人质，陈靖仇只好而交出了自己拥有的所有神器。后来宇文拓独自去敦煌拿伏羲琴而将鼎、印、石三样神器放到皇家宝库，众人终于在与宁珂郡主里应外合下将神器全部盗出。于此同时小雪也因连日的剧烈头疼而病倒。某日，小雪竟盗走神器投奔宇文拓而去。面临了小雪的背叛，拓跋玉儿在宁珂郡主的帮助下，潜入太师府，向小雪询问实情。原来小雪其实是女娲石转世，而身为昆仑镜转世的宇文拓所作的一切都是为了修补“神州九天结界”。不料离去时，宁珂杀害了玉儿，并引来陈靖仇，将玉儿之死嫁祸给小雪。
陈靖仇带着重伤的玉儿来到仙界，不料仙人外出，玉儿还是死去。陈靖仇心灰意冷，决定放弃。靖仇离开大兴后遇见李世民，并与张烈重逢，并在他们的协助下再度对抗宇文拓。陈靖仇来到通天塔顶，打败了宇文拓，还将其右臂砍下，宁珂趁机发动偷袭，西方魔界终于降临，原来宁珂郡主是撒旦手下的女魔将，是一切阴谋背后的真正主导人。众人到仙山岛寻求帮助，众人夺回琴、鼎、印，并在古月仙人帮助下列出失却之阵，以宇文拓的昆仑镜力量回到魔界降临被划破之前。之后一行人通过代替虚空之阵的巴别之路前往天上界，并顺利到达赤贯核心修补“神州九天结界”。失却之阵即将再次启动时，宁珂再次出现，却被众人打倒。宁珂临终前，说出了自己附身宁珂郡主的真相，最后在古月仙人帮助下，将灵魂封入伏羲琴中净化。此时，误以为陈靖仇背叛，并在独孤宁珂唆使之下魔化的陈辅企图破坏赤贯星，陈靖仇只好忍痛将之除去。
赤贯星成功封印，众人回到人间，已是十年之后。