作品设定在一个忍者的世界，故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。
为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的同伴们的故事，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。
第一部
木叶忍者村突然遭到九尾妖狐的袭击，第四代火影牺牲生命将妖狐封印到当时还是婴儿的鸣人身上。村人将鸣人当做妖狐的化身，对他冷眼相待，鸣人为了得到大家的认同而不断在村里搞恶作剧，以引起人们的注意。鸣人的目标是成为村子里最伟大的忍者“火影”，让所有人认同他的存在。
在忍者学校是万年吊车尾的鸣人，终于得到伊鲁卡老师的认同而顺利毕业，并和同期毕业的佐助、小樱分配到同一小组。指导上忍卡卡西为了培育鸣人他们的团队合作精神而在生存训练中设下各种考验，最终判定他们合格，也使得鸣人他们学习到了团队合作的重要性。
卡卡西小组收到任务，保护造桥专家达兹纳回到波之国。但在任务途中，他们遭到雾忍者村的叛忍桃地再不斩的攻击，这也成为了他们的第一次实战。众人在战斗中各自都有所成长，也了解到了忍者世界的残酷性。
鸣人他们完成任务回到村子，卡卡西推荐他们参加即将举办的中忍考试。考试会场中强手云集，而在考试过程中，鸣人他们遭到原属木叶忍者村、已经叛离村子的大蛇丸的攻击，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。之后，鸣人和佐助顺利通过预选赛，并为即将到来的正式考试作准备。鸣人得到木叶三忍之一的自来也传授忍术，而佐助则是受到卡卡西的专门指导。但与此同时，大蛇丸正在暗地里酝酿着阴谋，那就是联合砂忍者村一同袭击木叶。
鸣人在正式考试的第一场击败了人称天才的日向宁次，向大家证明了自己的实力。但在考试中途，音忍和砂忍们开始向木叶忍者村发动攻击，考试也被迫中止。大蛇丸向第三代火影发起挑战，在一场激战过后，第三代火影战死，而大蛇丸也付出了失去两只手臂的代价，被迫撤退。鸣人则与砂忍者村派来的“兵器”我爱罗交手，并打败了我爱罗。
木叶忍者村由于大蛇丸的阴谋而受到极大的损伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬突然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经将一族的人们全部杀光而离开村子，这次他与雾忍者村的干柿鬼鲛一同来到木叶，似乎是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是受到名为“晓”的组织的命令。佐助得知鼬回到村子，向鼬发起挑战，但却遭到惨败。此后，自来也为了寻找新任火影的候补人选纲手，同时也为了帮助鸣人修行，而和鸣人一起外出寻找纲手的下落。
大蛇丸找到纲手，希望她能治疗自己的双手，并提出可以让她再次见到她最重视的两人的条件。纲手为此犹豫不决，这时鸣人和自来也找到了她。纲手对继任火影一事心灰意冷，但她看到鸣人为了成为火影的梦想而刻苦修行的样子，也逐渐改变了想法。之后纲手拒绝了大蛇丸的请求，昔日的三忍展开激烈的战斗，鸣人也终于练成了自来也所传授的螺旋丸，打败了大蛇丸的随从兜。最后大蛇丸被逼退，纲手跟随自来也和鸣人回到木叶，成为第五代火影。
佐助因为鸣人实力的飞速成长而感到焦虑，这时大蛇丸的使者音忍四人众前来说服他离开木叶前往音忍者村。佐助为了得到更强大的力量以向鼬复仇，而离开了村子去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队前去追赶佐助，途中分别与音忍四人众以及随后赶到的君麻吕展开战斗，期间得到了砂忍者村援军的助力，好不容易才将敌人一一击败。鸣人追上了佐助，但佐助不打算回到村子，两人使出浑身解数展开激战，最后鸣人还是功亏一篑，败在佐助手下而没能挽留佐助。之后鸣人回到村子，打算和自来也一同外出修行，以使自己变得更强。[1]
第二部
在外修行了两年半的鸣人回来了。但此时的“晓”也开始蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前往砂忍者村，并找出了“晓”的根据地，但我爱罗已经被抽离尾兽而死亡。愤怒的鸣人不顾一切地追赶迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交战，最终将蝎打倒。千代婆婆牺牲自己的生命，使用转生忍术将我爱罗复活，鸣人他们回到木叶忍者村。
卡卡西由于劳累过度而住院，暗部的大和代替卡卡西带领卡卡西小组，新的成员佐井也加入了队伍。他们利用从蝎那里得到的情报，前往天地桥打听有关佐助的消息。但佐井实际上却是奉上司团藏的命令执行暗杀佐助的极秘任务，本打算执行任务的他在看到鸣人与佐助的羁绊之后改变了想法。鸣人等人终于在大蛇丸的根据地与佐助重逢，但佐助仍然不打算回心转意，还是选择和大蛇丸一起离开。而佐井则因为这一任务的契机成为了鸣人他们的同伴。
鸣人为了学得比螺旋丸更强的术而展开修行，此时“晓”的成员飞段和角都为了捕获九尾而入侵木叶，与第十班的成员交战，阿斯玛在这一战中中了飞段的咒术而牺牲。为了替阿斯玛报仇，鹿丸等人结成新的小队，与卡卡西一道向飞段和角都挑战。鹿丸运用过人的智慧打败了强敌飞段，而鸣人也终于学成了新术“风遁·螺旋手里剑”，来到战场支援，一击打倒了角都，赢得胜利。
此时佐助认为自己已经获得了超越大蛇丸的力量而突然向大蛇丸发难，破解了他的转生忍术，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香燐和重吾，四人组成名为“蛇”的小队，为了寻找鼬而展开行动。在此期间，佐助与“晓”的迪达拉遭遇并交战，迪达拉败于佐助手下，为了证明自己的艺术而自爆，佐助却躲在了万蛇的体内而躲过一劫。迪达拉的队友、戴着面具的“晓”的新成员“阿飞”本以为也死于爆炸之中，但“阿飞”却突然在“晓”的首领佩恩面前出现，并自称为“宇智波斑”，以幕后黑手的姿态现身。
自来也为了获取“晓”的情报而潜入雨忍者村，在那里遇到佩恩和小南，并认出佩恩就是自己昔日的徒弟长门。虽然自来也启动仙人模式与佩恩六道交战，但还是不敌轮回眼的力量。自来也为了得到敌人的情报而牺牲，并让深作仙人将情报带回木叶。
佐助终于找到了鼬，和鼬展开激烈的战斗，两人各自施展自己的绝技发动攻击。佐助由于查克拉耗尽而导致隐藏在体内的大蛇丸重新现身，但鼬却利用须佐能乎手里的十拳剑封印了大蛇丸。鼬也由于早已身染重病，在激烈的战斗过后就倒地身亡。佐助也因力量耗尽而倒下，被“阿飞”带走，“阿飞”告诉了他关于鼬的真相。佐助得知了鼬想要保护自己和村子的心意，而决定毁灭木叶忍者村。佐助将“蛇”小队改名为“鹰”，为了得到“晓”的帮助而答应他们前往云忍者村捕获八尾。
鸣人得知自来也战死的消息而大为悲痛，为了替自来也报仇而决定前去妙木山修炼仙术。此时佩恩六道突然对木叶忍者村发动攻击，并几乎将村子毁灭了，连卡卡西也在和天道的交战中牺牲。学成仙术的鸣人回到村子，接连打败了六道中的五人，在与天道交战中由于目睹雏田为保护自己而重伤，导致体内的九尾暴走，此时鸣人的父亲第四代火影突然出现在鸣人的精神世界中，阻止了九尾。鸣人由于父亲的帮助而重新回到战场，打倒了佩恩天道。鸣人找到了佩恩们的本体长门所在的位置，说服长门重新找回昔日的理想，长门施展轮回天生之术让包括卡卡西在内的已经牺牲的木叶村人们复活，自己也因此而死去。鸣人由于保护了村子而成为英雄，得到村人们的景仰。
雷影因为弟弟奇拉比被佐助掳走而暴怒，决定召开五影会谈以制裁“晓”。纲手在之前的战斗中由于消耗大量查克拉而昏迷不醒，团藏借机夺取了火影之位，并前往铁之国参加五影会谈。佐助为了杀死团藏而入侵会场，遭到五影的连续攻击，在千钧一发之际被“阿飞”救走。“阿飞”宣称自己将要实现“月之眼计划”，并向在场的众人宣告将要发动第四次忍界大战。佐助则在那之后追上了逃离会场的团藏，在一番战斗后将团藏杀死。
为了准备即将到来的大战，并保护八尾和九尾，鸣人被送往云忍者村准备的秘密基地，在那里遇到八尾人柱力奇拉比，并向他学习控制九尾的方法。鸣人在精神世界中遇到母亲玖辛奈，玖辛奈告诉了他关于他出生那天发生的事情，以及九尾入侵木叶的真相。鸣人在母亲的帮助下成功地控制了九尾，并得到了新的力量，察觉到了暗中潜入此地的鬼鲛的存在。打算逃走的鬼鲛与阿凯交战，被阿凯打倒，为了守护情报而自杀。
“阿飞”为了夺取轮回眼来到雨忍者村，并杀死了一心守护长门遗体和轮回眼的小南，更和获得大蛇丸力量的兜联手，以兜的秽土转生大军和“阿飞”的白绝大军发动了战争。五大国的忍者们也团结一致，组成忍者联合军，第四次忍界大战终于开战。鸣人在修行期间察觉到了外部的战争，和奇拉比一同赶往战场，而佐助也在移植了鼬的眼睛之后赶往战场。
秽土转生的忍者们和白绝接连被打倒，这时兜突然把真正的宇智波斑利用秽土转生召唤出来。五影为了对付斑而一同赶到战场，鸣人和奇拉比则与“阿飞”和人柱力军团展开战斗。佐助在赶往战场的途中与秽土转生的鼬相遇，为了向鼬询问当年的事情而追赶鼬，和鼬一同来到兜的根据地，两人联手打倒了兜。鼬解开了秽土转生之术，和佐助告别，而佐助则为了寻找答案而利用大蛇丸的咒印复活了大蛇丸，和“鹰”的成员一起前往木叶忍者村，利用秽土转生之术使历代火影复活。佐助从初代火影那里得到了自己想要的答案，希望能守护鼬的意志，而和历代火影一同赶往战场。
“阿飞”的面具在鸣人等人的奋战之下被打碎，众人也发现“阿飞”的真实身份竟然是卡卡西的昔日好友宇智波带土。带土当年在大战期间死里逃生被斑所救，由于目睹卡卡西杀死琳的瞬间而对世界陷入绝望，此后便继承斑的意志打算实现“月之眼计划”。带土和斑复活了集结所有尾兽力量的十尾，鸣人这边也集合联合军忍者的全部力量与敌人展开战斗，而佐助也随后赶到，昔日的第七班终于再次重聚。
带土获得了十尾之力，一度让众人陷入苦战，并打算利用十尾的本体神树发动月之眼，但在众人的奋战之下其体内的尾兽也被抽离，鸣人说服带土重新正视自己。带土在奄奄一息之时遭到黑绝的控制而发动轮回天生之术使斑完全复活，斑抽离了鸣人体内的九尾，又用剑刺穿了佐助的身体，在夺取了全部尾兽之力后成为十尾人柱力。阿凯为了打倒斑而开启八门遁甲，差一点便将斑逼入绝境，但阿凯最后还是因为力量耗尽而倒地。
鸣人和佐助在生命垂危之际见到了六道仙人，并被六道仙人赐予力量而获得了更加强大的力量。重返战场的鸣人和佐助利用六道之力压倒了斑的力量，但斑在夺回了轮回眼之后开始施展无限月读，让全世界陷入了幻术当中。鸣人、小樱和卡卡西受到佐助轮回眼须佐能乎的保护而免于一难。
斑遭到黑绝的偷袭。黑绝利用斑的身体使六道仙人的母亲辉夜复活。辉夜的目的是利用无限月读制造白绝大军并取回自己的查克拉，为此而打算将妨碍她的鸣人等人抹杀，将在场的众人传送至自己的空间。第七班众人在辉夜的空间中与辉夜交战，得到鸣人救治而苏醒的带土也加入鸣人等人的阵营一同作战。与此同时，留在原先世界的四位火影在机缘巧合之下召唤出六道仙人的查克拉。带土为了保护鸣人等人而被辉夜击杀，卡卡西暂得到带土写轮眼的力量而开启须佐能乎，第七班众人终于合力将辉夜封印，并在六道仙人的帮助下回到原来的世界。斑在和柱间互相敞开心扉之后死去。六道仙人解除了秽土转生的忍术，水门在离开之前对鸣人祝贺“生日快乐”，鸣人也向水门说出了自己一直以来没有说出口的各种话语。
佐助说出自己的真正目的是“革命”，为此要将现任五影一并处决，并将终于重获自由的尾兽们再次囚禁。在六道仙人对这样的结果表示无奈之际，鸣人告诉他自己必将阻止这样的轮回，并与佐助展开决战。两人在当初曾经战斗过的终结之谷再次展开激烈的战斗，并在战斗中确认了对方的心意。在最后一击的对决中，两人各自碎了一只手臂，再也无力站起来的同时，终于说出了自己对对方的认同，佐助认输……
二人共同解除了无限月读，包括真正的阿飞在内的所有剩余白绝也都随无限月读的解除而死亡，忍界重新恢复了和平。数月后，卡卡西成为第六代火影。而佐助决定离开木叶游历世界，与鸣人等人道别……
时光飞逝，在大战结束后十几年，当年的年轻忍者们已经各自成家立业，而鸣人也终于实现了他成为火影的梦想，作为火之意志的继承者，守护着村子里的人们……（完）