剧情如下：
根据同名游戏改编，阿拉斯加Shadow Moses岛，高科技部队“FOXHOUND”与他们带领的次世代特殊部队突如其来地起义，占据了废弃核子武器研究所。他们自称“Big Boss的儿子们”对美国政府要求交付Big Boss的遗体。如果24小时以内没有接受的话，就会发射核弹。
美国政府招集原FOXHOUND司令官Roy Campbell上校为镇压作战的司令官。坎贝尔上校招集了原FOXHOUND队员Solid Snake。为了解决这次的恐怖活动，救出2名人质。一边传达任务内容，一边接受各领域的专家们的支持，Snake的单独潜入任务开始了……
故事概要
Metal Gear Solid 3 Snake Eater
二战结束后，世界分为东西两大阵营,美苏两个超级大国开始对峙，进入冷战时代，美国为了应付冷战的谍报任务,THE BOSS成立了特种部队FOX UNIT. 不久后苏联也为了应付冷战的谍报任务,成立了特种部队HOUND UNIT。1963年METAL GEAR的主体开发完成,并被制造出来了。此时在苏联GRU上校认为时机成熟准备叛乱,目标为夺取METAL GEAR，妄图来征服世界，计划绑架苏联科学家，METAL GEAR的研发者-索科洛夫博士。而索科洛夫博士则美国提出求救,Snake临危授命，空降到诺亚斯克山区，降落到地面后正式开始"正义作战行动(COMMENCING VIRTUOUS MISSION)",任务目标为确保索科洛夫博士的安全并将其成功带回来。但是任务失败了，而且更糟的是GRU上校Thunderbolt发射了THE BOSS带来的两颗自带手持发射装置的微型核弹。核弹爆炸引起苏联的震动，接着THE BOSS被美国出卖，核掸爆炸所引起的一切责任都推到THE BOSS头上，成为世界的罪人。第一次任务未完成，Snake又被安排了新任务，被安排去了解这场危机，解决掉这其中所有对美国不利的人，因为将要面对的敌人中有THE BOSS创立的眼镜蛇特种部队，行动代号取名“食蛇者(Snake Eater)“。任务中又邂逅了另一名间谍EVA。在EVA的帮助下，Snake成功潜入守卫METAL GEAR的基地，消灭了眼镜蛇部队，摧毁了METAL GEAR，最后忍痛杀了自己的导师THE BOSS，在第三国女特工EVA的帮助下，他回国后被授予"BIG BOSS”称号。
这时的BIG BOSS才醒悟到这一切是一个骗局，他想好了自己以后该走的路，就是不要相信，并继承了THE BOSS的意志，就是要靠要用强硬的手段再让东西方统一。BIG BOSS后来成立了FOXHOUND，开始用自己的意志来处理世界上的各种争端。
Metal Gear Solid Operation Portable
Ops的故事发生在1970年，食蛇者作战后的第六年，在知道被国家背叛后，Big Boss，这位当时的Snake开使对他的上级不满，不久，Big Boss带着他的老部下离开了狐狸部队（FOX UNITE），不幸的是，事情没有这么简单。
狐狸部队在南美发动叛乱后，Big Boss被政府逮捕。他建立了猎狐犬部队（FOXHOUND Unit）来洗刷自己的罪名。这是狐狸部队已经控制了一种危险的终极武器，这就是Big Boss将要和他的部队前去战斗的东西。