1、初代《魂斗罗》的剧情其实很简单，如果你在当年玩的是日版的游戏，那么在游戏的最开始时就能看到基本的剧情介绍：2633年，恐怖组织“红隼”占领了新西兰附近的加尔加群岛，隶属于魂斗罗部队的两名特种兵比尔·雷泽（蓝）与兰斯·比恩（红）受命前往消灭敌人。但在战斗中他们发现，在“红隼”的背后，其实隐藏着一支更为神秘可怕的力量：外星人。
2、在游戏中，最终Boss的名字是“天王鬼贾巴”，以其为代表的外星人仿佛一团巨大的有机聚合体，在初代作品的故事中，他的目的被认为是想要统治世界。然而，事情显然没有这么简单。初代《魂斗罗》的最终boss其实被分成了两个部分，前面的被称“为天王鬼贾巴”，后面的则被称为“天王创魔心”
二、GX训练营的求救信号
1、《超级魂斗罗》（在国内它经常被称为《魂斗罗2》）的故事和初代差不多。2634年12月，哈尔将军从南美的GX军事训练营发出了一则求救讯号，魂斗罗部队派遣比尔和兰斯前去调查。两位主角在训练营发现，初代作品中的外星人卷土重来并将所有的士兵都变成怪物。比尔和兰斯不得不含泪对昔日的同胞痛下杀手（当年实在没有这种感觉）。经过一番浴血战斗，外星人再次被消灭。
2、两人在战后留在了军中，继续转战各地。在不久之后，某国捕获了一只异形（代号“黑蛇”），并用其开发生化武器，引起了一轮新的危机（《C行动》GB）。这次的战斗由比尔独自前往（Game Boy只能单人游戏），虽然没有了队友的照拂，但作为系列名副其实的第一主角，比尔还是将敌人彻底击垮，完成了任务。
三、外星人的全面侵略
1、从历史的角度看来，比尔和兰斯所取得的胜利仅仅是暴风雨前的小插曲。异形的两次入侵仅仅是试探性的攻击，在2636年——也就是初代作品后的第3年——外星人对地球展开了全面入侵，异形战争至此全面爆发。
2、外星人强横的实力让《魂斗罗3》的剧情看起来就像是一部科幻灾难片，当外星出现在天际时发射了一道激光，一座城市瞬间被毁灭。面对外星人在实力方面的全面压制，人类节节败退，被灭绝的恐惧笼罩着整个世界。
3、不过，拯救世界这种小事自然难不倒我们身经百战的比尔和兰斯，两位超级战士再次出马，以直捣黄龙之势杀入了异形巢穴，彻底摧毁了异形的侵略攻势。这场战争也让一直（不一定是自愿）深藏功与名的比尔和兰斯成为了拯救地球的战争英雄。虽然作品中没有展示，但我们可以想象对于二人来说，战后的日子会是一段多么美妙的时光。然而，这段日子仅仅持续了8年。