盟军和苏联军队摧毁了尤里在罗马尼亚的要塞，并极大地削弱了心灵军团的力量，为世界赢回了和平与安全。所有的心灵控制器都被摧毁了，全人类都脱离了被尤里完全心灵控制的阴云。然而不幸的是，尤里在苏盟联军开始搜索他之前，就已经从要塞逃走。他本打算用爱因斯坦教授设计了用来拯救世界的时间机器逃脱，不过由于苏联人将剩下的所有能量都填充进了时间机器，将尤里送到了白垩纪。尤里被困在了时间之中，面前是一只饥饿的暴龙以及没有能量的时间机器。但是，谁又看到他被这个白垩纪生物吃掉了?
得到尤里被困在了过去的消息后，
心灵军团在撒哈拉沙漠的秘密指挥中心的总指挥用精锐部队找到了爱因斯坦教授的另一部时间机器并用来解救他们的主人——在尤里被消灭后，爱因斯坦继续他的时空实验。心灵军团很快就控制了保护着时间机器和一部空间传送球的卫队。他们很快就将这两个装置充电，就像他们主人一样回到了白垩纪，并找到了尤里。搜索尤里并没有花多少时间，因为他们将一个小型的心灵探测器传送到了过去并很快就接收到了尤里的时间机器发出的信号，虽然时间机器已经没有能量了。尤里很快被救回到他被困在时间里的几个月后。
为了防止再次失败，尤里决定利用他的心灵控制和催眠技术来改进将会给他带来对世界的绝对控制的致命武器。他决定重新建造一个由改进的心灵控制器—心灵支配仪（心灵控制器+心灵信标）所组成的网络，并用他们控制世界上最强大的国家，实现他全球统治的梦想。他的计划包括重新夺回克隆设施——在泰伯瑞娜人工岛——心灵军团基地遗迹的地下克隆设施里藏着一个用来代替尤里在前线作战的英雄。当盟军和苏联尚无准备的时候，尤里在太平洋某处制造了这个变异战士——拉恩，一个新的时代开始了。但是心灵支配仪组成的网络和几乎完美的变异战士并不是尤里终极计划的全部。
几个月过去了，在这之间苏联完成了新的太空计划，
并同盟军结盟。盟军和苏联决定停止一切战争行为，并形成一个强大的联盟来打击一切能导致他们失去已得利益的势力。并且双方都在和平地发展自己的军队并制造出了大量的新式装备。不过一年之后，苏联发现了自己以及其他红色国家境内的心灵军团。不久，苏联就遭到心灵军团的全面入侵。莫斯科在一种不知名的隐形坦克（魔影坦克）的大举进攻下沦陷。这些坦克很快就破坏了苏联的核子反应炉和雷达。罗曼洛夫总理在他看见尤里仍然活着回来的时候大惊失色，苏联试图自己抵抗尤里的进攻，但心灵军团很快就控制了整个苏联及其邻国。尤里已经控制了红色政权的心脏——苏联，而其他的苏维埃国家也正遭受尤里的其他心灵军团部队的进攻。尤里的心灵阻断技术是苏联沦陷的主要原因。心灵阻断技术装备坦克时可以让他们隐形，轻松地穿越防御并直接从他们脆弱的基地内部发起进攻。克里姆林宫被心灵军团占领并作为尤里的指挥部。其他苏联国家也几乎被其他心灵军团完全占领。苏军的残余部队逃离到了乌拉尔山脉一带，他们必须联系盟军。但这还不是最糟的，他们还不知道尤里的新装置。
盟军知道心灵军团还没有被完全摧毁并且成功地控制了苏联国家时，已经是尤里跟白宫联系并向盟军国家的领导人问好的时候了。他们知道有人偷走了他们的二号时间机器。当活着的尤里跟他们进行电视谈话时，全世界都震惊了，甚至比罗曼洛夫更加震惊。尤里说他已经比当年更加强大并且苏联已经到了他的手上，因为他已经控制了整个苏维埃帝国以及全部的苏军。他说不久盟军也将像苏联一样被击败，因为他已经有了一件超级秘密武器。在他说完最后一个字时，电视谈话终止了。不久所有华盛顿居民都看到了部署在华盛顿的心灵支配仪被激活并开始释放心灵波......
尤里宣布了一个伟大的帝国的建立——第五帝国（厄普西隆），
世界上有史以来最强大的军队将听从他的指挥。苏联几乎被第五帝国的军队消灭了，美国的大部分国土也都已经受到心灵控制，甚至杜根总统和盟军的高级将领也服从尤里。但是尤里并没有取得胜利。苏联的最后军队仍屯聚在乌拉尔山的4G基地，一个尤里的心灵控制波无法影响的地方。他们仍然有希望，他们知道，盟军和苏联仍然拥有足够的力量来阻止尤里并且双方都将试图这么做。
尤里还在白垩纪并且心灵军团还没有进攻他们时，他们已经开发出了不少先进武器，他们将能在同尤里的最后决战中消灭尤里。但是他们知道他们真正的对手是什么吗?没人知道尤里和第五帝国在南极的冰雪之下的秘密武器。在任务模式中玩家若选择苏军或盟军，将带领所选阵营对抗尤里，直至消灭心灵终结仪，取得最后胜利；玩家如果选择厄普西隆，那么将在尤里的威胁下成为厄普西隆最高指挥官，击败盟军与苏军，统一世界。但是，指挥官会如此轻易地屈服吗?