1.精挑细选种子。根据自己的喜好，选择不同植物种类的当年新种的一种，不宜选择2年以上的陈种，陈种发芽慢，出苗力弱，发芽率低，有的甚至不能发芽。
2.浸泡方法。仔细去掉有虫眼的、破损粒、霉烂粒和杂质，然后放进20-30℃的水里进行浸泡。夏季高温季节在比较凉爽的环境中浸种，冬天需要用热水浸种，温度不能过高过低。温度过高，容易烫坏种子，温度太低，浸种时间过长，不利于操作。浸泡过程中，如果时间较长，为了增加水的溶氧量，需要间隔8-12小时换一次清水，直到浸种结束为止。
不同的种子需要吸收的水分数量不一样，吸收水分的速度也有较大差异，浸泡结束的标准以完全膨胀为度，掐一下，种子内部没有干心即可捞出来，沥干水分。
3.催芽器具的选择。最古老的方法就是用筛子和纱布进行催芽，实践证明，只要保证种子不积水，所有的容器都可以用来进行催芽，其中包括碗、盘子、茶盘、缸子、塑料瓶、玻璃瓶、塑料袋，但需要记住一点，那就是这些器具不能沾一点脂肪（植物油和动物脂肪），否则就不会发芽，造成大量烂种现象发生。这些器具在使用以前需要用洗洁精等清洁剂反复清洗，然后用大量清水洗净清洁剂，晾干以后再作为发豆芽的器具。
4.催芽过程中避免积水，但要保持种子潮湿。将已经浸泡好的种子放进器具内，厚度不得超过10厘米，避免种子发热，用潮湿的纱布、毛巾等盖在上面，间隔6-8小时以后，洒水，或者将种子放进清水中清洗一下，然后沥干水分，再次装入器具内，避免多余的水分沉积在器具底部，造成烂籽。
5.保持合适的温度和通风良好。在低温季节，一般利用热炕、热锅、热被子（电热毯）、火炉、大棚和空调等热源进行加热。在高温季节，将器具放在温度在30℃以下的凉爽的地方，比如水井水层上方、地下室、窑洞、山洞、红薯窖里面。只要保持15-30℃，种子就能发芽，只不过最适宜的温度还是25℃左右，生长得最壮、最快、最长。
6.避免环境污染。在发豆芽的地方，应该不能放化肥、农药等化学药品，避免有害气体伤害幼芽，冬天注意降低一氧化碳和二氧化碳的浓度，才能让种子快速发芽。
7.催芽期避免见光。各种豆芽都是遮阴催芽，如果见到光线，子叶就会变绿，使用价值降低，而且有中毒的风险。
8.采收时间的确定。不同的农作物种子所需要的时间有一定差异，人们对于豆芽的消费习惯也有一定的要求，比如黄豆芽只需要浸泡就可以炒着吃、凉调吃，一致吃到芽长7厘米以下的时候，而绿豆芽比较脆嫩，一般在芽长达到5-12厘米在开始食用。