一是专家辅助人的申请主体。《行政诉讼证据规定》和《民诉法司法解释》都规定，专家辅助人的出庭是当事人向人民法院提出申请，由人民法院决定是否准许；
二是当事人申请专家辅助人出庭的时限问题。行政诉讼法及《行政诉讼证据规定》对此都未作明确规定，《民诉法司法解释》第122条作了“在举证期限届满前”的时限要求，规定当事人应在举证期限届满前申请专家辅助人出庭。那么，在举证期限届满后，当事人能否申请专家辅助人出庭？这一点没有法律规定，人民法院在此问题的处理上有一定难度。倘若将专家辅助人视为当事人诉讼代理人，则依据诉讼代理人的有关规定（《民诉法司法解释》第89条），应在开庭审理前将授权委托书送交人民法院，即最迟在开庭前向人民法院提交申请。如果将专家辅助人视为证人，依据《民诉法司法解释》第117条的规定，当事人应在举证期限届满前提出申请，并且需经人民法院通知才能出庭，但双方当事人同意并经人民法院准许的不受此限制。也就是说，即便举证期限已满，专家辅助人仍有可能被允许出庭；
三是是否需要对专家辅助人的资格进行审查。《行政诉讼证据规定》第48条第二款规定：“当事人对出庭的专业人员是否具备相应专业知识、学历、资历等专业资格等有异议的，可以进行询问。由法庭决定其是否可以作为专业人员出庭。”当事人申请专家辅助人出庭，另一方当事人对该专家辅助人有异议的，人民法院应对其进行资格审查，并决定是否允许其出庭。虽然法律法规和司法解释没有作出明确规定，笔者认为，依据诉讼代理人和证人出庭的相关法律规定，当事人在申请专家辅助人出庭时，有必要向人民法院提交证明该专家辅助人身份和资质的相关材料。因此，人民法院应对当事人聘请的专家辅助人的相关资格进行审查；
四是专家辅助人出庭时的相关要求。如前所述，申请专家辅助人出庭的目的是对鉴定意见进行质证、对专门性问题发表意见，并且专家辅助人是作为当事人的诉讼辅助人而出庭的，那么专家辅助人是否具备普通诉讼代理人的权利呢？《民诉法司法解释》第123条第二款给出了否定的答案：“具有专门知识的人不得参与专门性问题之外的法庭审理活动”。同时，专家辅助人出庭时，还应就相关专业问题接受法官、当事人及其申请的专家辅助人的交叉询问，即人民法院可对专家辅助人就专门性知识进行询问，对方当事人经法庭许可可以询问专家辅助人，双方当事人各自申请的专家辅助人之间可以进行对质。这样可对专门性知识进行充分的质证、辩论，保障各方诉权