莎莉的哥哥夏佐在击败艾达之子后，就失踪了。而此时，亚夏海嘉德的高层无意间发现了来自于维拉地区的信号，这里由于很长一段时间都处于与海嘉德失联的状态，于是他们便派遣了冒险者小队前往维拉世界进行调查。而莎莉为了寻找哥哥，也和我们一起踏上了旅途。
初次来到维拉，认识了镜都顾问凛夜小姐，并且得知维拉世界一直在受到一种名叫灰域体的怪物的骚扰，尤其是从亚夏冒险者来访的前一段时间开始，原本守卫森严的镜都内部，竟然频繁出现智能机器人袭击人类的事件。通过调查，大家发现竟然是灰域体的核心控制了这些机器人，为的是来寻找能与它们产生共鸣的蕾贝。
由于事态紧急，凛夜也不得不将自己保守的秘密说了出来。原来镜都曾经有过一位名叫蕾比利亚的天才女博士，她执着于灰域体的研究甚至有点疯狂。后来由于她过于疯狂的行为导致她被镜都高层封杀，然而作为多年的好友，凛夜还是动用了自己顾问的特权将博士保护了下来送出镜都，同时也向外传播了博士在实验爆炸中身亡。但是，博士当年用自己的基因和灰域体融合制造出来的蕾贝，凛夜也隐瞒了她的身份并带在身边照料。
为了弥补自己的行为给镜都带来的躁动，凛夜带着我们和天琅再次前往博士被封锁的实验室重新调查，意外发现博士留下来的线索并得知其2年前就已经前往无序深渊研究灰域体。
于是凛夜一行人只能再次前往灰域体群聚的无序深渊寻找博士。结果发现，博士因为将自己当做实验体研究灰域体，在无序深渊两年，受到注射物的影响，蕾比利亚也变成了灰域体。直到凛夜等人的到来，击败了她变身后的灰域体，并将其剥离出来，蕾比利亚才离开了无序深渊。
然而，这一切也只是开始。蕾比利亚苏醒后，告诉了凛夜等人灰域体正在进化，而且像是受到什么东西控制一样，正在朝着人类开发的海底都市发起有序的进攻。
先是镜都设置在沼泽地区的哨所突然被袭击，因为镜都的人想要前往海底都市茵纳斯，必须要途径沼泽地区的隧道。随后在调查哨站被袭击的过程中，人们发现竟然有灰域体可以控制人类的身体，并模仿其行为进行活动。
针对此时，镜都高层决定让凛夜和冒险者小队赶紧前往溟海，恰好与 失联许久的亚夏冒险者小队队长伊卡洛斯前往研究所寻找增员，于是便将众人通过沼泽的隧道，带往了通向溟海的隧道。
在冒险者小队成功前往茵纳斯地区之后，除了告诉这里的管理者菲欧娜要小心身边的人被灰域体寄生控制变成间谍外，也开始在海底都市的周围进行调查。
调查过程中，众人认识了一批自称来自九域的异世界人——岚。岚告诉维拉世界的各位，这些灰域体也是入侵他们世界的祸端，但是想要让它们无法入侵，就一定要找到他们传送的源头，从他们的老家将其彻底击溃。
于是众多冒险者便齐聚溟海，除了抵御灰域体的入侵外，也准备开启新一轮的异世界冒险。