这一次剧本不是宫崎老贼写的，所以没有黑魂血缘那么晦涩难懂，剧情大纲整理起来还是很清晰的。
首先一切的开端是一条中国(日本的西方当然指的是中国)的神龙“樱龙”不知为何被放逐到了日本，这条樱龙说是龙，其实更类似于一种克苏鲁式的不可名状的生物，它的本体是巨大的樱花树，龙形态出现在上位空间的幻境之中，而且长得也是像龙又像人。
樱龙坠落之地是苇名的高山上，坠落的时间大概是平安时代，因为源之宫明显是平安风格的建筑，那里面的敌人也都是平安时期的公家装束与大铠。
总之通过源之宫敌人的造型可以推测得出，平安时代，樱龙来到苇名的高山上，从樱花树的根部涌出神水，居住在那里的一群平安时代贵族受到神水影响发生了变异，变成了所谓的“淤加美”一族，从游戏里可以看到这帮人女的有长脖子，男的更是身体像龙，脚像树根，脸像鱼，总之就是非常克苏鲁的造型，与传统观念里帅气的龙人族完全不一样。
只狼全npc剧情一览
之后淤加美一族曾经下山侵略苇名，但被苇名的武士打退，他们的血脉则融入本地人，苇名屑一郎的师父就是淤加美族的武者“巴”。这也就是龙胤之力的源头：樱龙的力量可以令人永生不死，但代价则是吸收其他人的精气，可以看见源之宫里的男淤加美会吸取年龄，中者即死，这也就是龙咳的原理。
然后就是源之宫的湖里有巨大的鲤鱼，鲤鱼死后尸骨上滋生了寄生虫，这些虫体内也有大量的不死之力，顺着河流流到下界的金刚山与山谷里，被这些虫寄生的生物都变成不死之身，比如说狮子猿就正好住在源之宫的下流，结果就被虫子寄生了。
金刚山的仙峰上人也被虫子寄生而永生不死，但仙峰寺的虫子比较弱，只能让他以木乃伊般的模样活着。总之仙峰上人一直在潜心研究不死，其他和尚都被不死的魅力所诱惑，但仙峰上人一心只想归还龙胤之力。所以仙峰寺开发出了不死斩的妖刀，一把是主角的，一把是苇名屑一郎拿的黑不死斩。黑不死斩的能力是复活死者，代价是一具吸收了龙胤之力的肉体，这就是为什么最终BOSS是从屑一郎体内复活的剑圣一心。
最后就是真结局，通过仙峰上人开发出的法术，变若的御子吃了两个蛇神的心脏，体内有了神之力之后将龙胤的御子吸收到身体里保存起来，接着与狼一同踏上前往西方(中国)归还龙胤之力的旅途，不知道有没有DLC?