这是一篇与原作RPG主角一样从真新镇出发的少年小智，和他的神奇宝贝与皮卡丘，刻画友情与成长的故事。沿袭原作故事节奏展开第一集的冒险故事。
设定中自然有登场人物与反派角色等，就因为初期这种独特的表达方式，将游戏中的世界观毫不保留的完整呈现在动画中。这可以说是担任系列构成的首藤刚志先生最擅长的方式。首藤也构想出火箭队登场时“既然你诚心诚意的发问了──”的台词。
创造了跟随小智一起旅行的道馆训练家好友小刚与小霞，也创造出了“老梗新用”的反派角色，敌对组织火箭队的队员武藏与小次郎，更赋予他们有一只能够说人话的罕见神奇宝贝喵喵。
假如小智没有选择皮卡丘作为最初的神奇宝贝，反而选择最初3只的其中之一的话，或许会让人大失所望。不仅游戏受欢迎，再加上最初的神奇宝贝使用光的三原色，但是如果没有皮卡丘可以选择也一定会逊色许多。
主角小智与大木博士的孙子、小智的对手──小茂的命名，是源自原作RPG《神奇宝贝 红·绿》提供的名字之一，是以该游戏开发者田尻智及任天堂董事宫本茂的名字作为基础。小智得到皮卡丘后以宝可梦大师为目标，踏上训练员之路。
在旅程的开端，有个小智与皮卡丘的动人故事： 由于小智的皮卡丘不肯服从小智，小智惟有靠自己捉神奇宝贝，连续捉2只失败，就在小智以掷石作攻击命中目标时，惊觉那不是波波，而是烈雀。小智及皮卡丘遭受袭击，慌忙逃走。
其间一个女子在钓鱼期间拯救了他们，小智按她的指示，向常槃市冲去，但被烈雀群追上，此时皮卡丘已受重伤，为了救它，小智不惜牺牲自己，抵挡烈雀群。皮卡丘眼见小智舍身相救，终于明白小智对它的爱护及好意，就在烈雀群即将击中小智的千钧一发之际，它冲到小智面前，并使出强烈的“电击”绝招! 终于成功把烈雀群赶走了，小智和皮卡丘亦终于成为好友。
此时小智及皮卡丘遇见了一只神秘的神奇宝贝(大木博士也不敢相信小智遇上它)，是后来小智估计的凤王(由于当时金银版还未推出，其名字最初是透过漫画版的资料公布的)。之后小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞结伴同行，其后认识小刚，尼比市道馆赛后小刚加入成为新的同伴。
小智在石英联盟由初赛出线至淘汰赛，于16强止步。回到真新镇后，小智为了替大木博士拿GS球而前往橘子群岛，在一时兴起下决定挑战橘子联盟，到最后夺得胜利者杯。
在从橘子群岛回来后，与一直以来视为劲敌的小茂首度交锋，双方派出自己最自豪的神奇宝贝，皮卡丘对抗伊布，一番苦战后小智战败，对小茂誓言下次绝不会再输，也决定要挑战城都联盟，往城都地方出发。
而在城都联盟白银大会决胜锦标赛的第一回战中再度与小茂对碰，6对6的全面对战，双方都以最强的阵容来应战，最后一战，小智的喷火龙战胜小茂最强的水箭龟，小智晋级。但是到了第二回战与来自丰缘地区的叶越交手时，叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入危机，小智和叶越激战后派出最后仅余仍能作战的神奇宝贝-喷火龙和火焰鸡作最终对决，最后喷火龙失去战斗能力，小智战败，8强止步。
白银大会结束后小智与必须回家的小霞和小刚告别，重回真新镇的小智想着自己从未到过的丰缘地区，决定为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区挑战丰缘联盟，第一部完。
扩展资料：
角色介绍——
1、小智
《神奇宝贝》动画全系列主角，年龄10岁(第一代~第六代)，出身于真新镇，是个朝气蓬勃、热爱宝可梦的少年。以宝可梦大师为目标持续旅行的他，虽然技术还不是很成熟，但是随着经验增加而逐渐进步。造型范本为GB红、绿版的男主角，名字是以原案企划者田尻智来命名。
2、皮卡丘
电系，雄性，鼠宝可梦。小智的初始宝可梦，也是最亲密的搭档，是小智自故事开始目前唯一一只跟随的伙伴，每当小智在新地方展开旅行时总是只带着它，其余收服到的则全数留在真新镇。讨厌待在精灵球里，亦拒绝进化，深信不进化也能战胜自己的进化型—雷丘。为火箭队两人一猫组的固定捉拿目标。
3、小霞
《神奇宝贝》的女主角，年龄10岁。自称是世界级美少女、顽皮人鱼公主、华蓝美女四姊妹的老幺，现任华蓝市道馆训练家。喜欢水系宝可梦，立志成为水系宝可梦大师，讨厌虫系宝可梦。性格强势，经常和小智吵架，自尊心高，有相当的正义感，但她也有柔弱纤细的女孩子的一面。对小智有一定的好感。造型范本为GB红、绿版的华蓝市道馆训练家。
4、小刚
《神奇宝贝》（橘子群岛篇除外）至《精灵宝可梦钻石&珍珠》的第二男主角。原是尼比市道馆训练家（年龄约15岁）。为人非常细心，擅长做各种家事及料理，有父母和十个弟妹。非常好女色，对漂亮大姐姐毫无抵抗力，会自动冲过去搭讪。
具有分辨不同城镇的乔伊小姐、君莎小姐的能力，不过他对火箭队等人伪装的女性完全没有感觉。目标是成为宝可梦饲育家，而在神奥联盟后的一次事件令他改变志向，令他立志成为宝可梦医生。造型范本为GB红、绿版的尼比市道馆训练家。