《无间道》的创作灵感源于吴宇森执导的电影《变脸》。麦兆辉认为《变脸》中“交换面孔”的桥段在现实中是不可能发生的事情,于是麦兆辉提出可不可以讲一个故事,将两个角色交换过来,但是不需要手术,只是身份和内心的交换。麦兆辉、庄文强在创作《无间道》剧本的时候一直在写作上相互沟通,麦兆辉写完了一个完整的剧本,寄给庄文强,庄文强把剧本改了一遍又写信送给麦兆辉修改。在麦兆辉的剧本构想里,最初只有警察到黑社会卧底的故事线条。后来刘伟强又在原始剧本的基础上加了很多的元素进去,并加入黑社会的人去警局做卧底的另一条线。在剧本的修改过程中,《无间道》的定位也随之改变,电影剧本最初是警匪斗智为重,后来黑帮或英雄片的元素变得浓烈了。