2008年11月,吴佩慈与马来西亚籍富商Peter Chen在飞机上相识,之后开始交往。2011年,吴佩慈与Peter Chen分手。2013年9月,吴佩慈透漏自己怀孕4个月,男友是纪晓波。2014年2月17日中午12点在香港剖腹生下小马女,母女均安。吴佩慈女儿身高50公分,重2760克,已取好小名“小蕊蕊”,英文名“Hillary”,希望宝贝千金看齐美国政坛女强人希拉里的聪慧、坚强、勇敢。2015年6月1日,吴佩慈在脸书晒出超音波照,证实怀了第二胎。2015年11月17日下午2时许,在香港剖腹产下第二胎儿子hans,她预产期原本是定于月底,但为了选在好日子出生,决定提前剖腹。