1992年冬,作为胡金铨《画皮之阴阳法王》的女主角,祖贤随剧组辗转大陆北方数地,雪中的五台山留下了她礼佛、骑马的身影。新世纪伊始,王祖贤电影生涯的最后两部重要作品《游园惊梦》与《美丽上海》也分别在内地的苏州与上海拍摄完成。
1990年3月,王祖贤应日本富士电视台邀请赴东京拍摄电视电影《香港来的女人》。1993年11月,《青蛇》上映,当年在香港票房普通。2008年11月,该片导演徐克做客中央电视台《艺术人生》节目,其中有个“观众票选最喜爱的徐克作品”环节,结果《青蛇》票选首位。同年,作为笑傲江湖系列电影第三部,《东方不败风云再起》延续了前作的故事,王祖贤在片中饰演东方不败的侍妾雪千寻。影片中王祖贤有大量反串男装。1993年《马路秀》杂志票选最受日本观众欢迎十大外国女明星第六位;2003年韩国网民票选最想念中国明星第一位,且前后三次当选。截至1992年底,王祖贤为港府纳税已经超过1000万港币。