2008-09赛季初始,湖人就以一波7连胜开局。科比带领球队打出平队史纪录的最佳开赛战绩17-2, 到12月中旬,湖人队的成绩为21-3。 科比连续第11次入选全明星赛首发阵容,而且一直是最有价值球员奖项的最有力竞争者。 科比在12月和1月均荣膺西部月最佳球员,并且三次获得西部周最佳球员。
2009年2月2日在一场与纽约尼克斯队的比赛中,科比拿到61分,创造了麦迪逊广场花园球馆的最高得分纪录。在2009年NBA全明星赛上,科比拿到27分,4次助攻,4个篮板和4次抢断,与前队友奥尼尔一同分享了全明星赛MVP奖杯。湖人队在常规赛拿到了西部最佳的65-17的成绩。科比在MVP的投票评选中仅次于勒布朗·詹姆斯(LeBron James)排名第二,并且职业生涯第七次入选NBA最佳阵容第一阵容以及NBA最佳防守阵容第一阵容。
在季后赛中,前两轮的比赛湖人分别用5场比赛击败爵士队,用7场比赛战胜火箭队。在西部决赛中用6场比赛击败掘金队,湖人队连续第二年进入NBA总决赛,并在总决赛以4-1战胜了奥兰多魔术队。科比在获得第四个NBA总冠军的同时,第一次获得了NBA总决赛最有价值球员奖,他成为继杰里·韦斯特于1969年NBA总决赛系列赛之后第一位场均拿到32.4分、7.4次助攻的球员,同时他还成为继迈克尔·乔丹之后第二位在总决赛系列赛中拿到场均30分,5个篮板,5次助攻并最终赢得总冠军的球员。