为了与这个新的威胁战斗,孩子们得知了合体进化,使他们的数码宝贝合体以获得更多力量。最后,当战斗被带入现实世界,真正的策划者——及川悠纪夫出现。他从小贤那里得到了黑暗种子,并把它植入了希望和小贤一样的孩子们的身体里。那些种子利用孩子们心中黑暗的力量成长成为花。最终,被选中的孩子们面对及川,知道了他是个极端不合群的人,他唯一的朋友是伊织的父亲——火田浩树。浩树和及川年轻的时候经常在一起玩电子游戏,最终着迷于数码世界并且非常希望到那里去。最后,有个物体从他的身体里弹出,原来是第一部中的吸血魔兽的残留意识。
故事的最后,全世界的被选中的孩子全部帮忙,打败了贝利亚吸血魔兽。存在于每个人心中的光明和希望令数码世界重新回到那个美好的地方,而及川因为太虚弱而不能进入数码世界,他把自己的力量送给了自己热爱的数码世界,和数码世界永远在一起。和平恢复后,数码世界和现实世界被联系起来,每个人都拥有了自己的数码宝贝。