由于叙事线拉得更长,几位宫斗女主角们的子嗣纷纷长大,夺嫡便成了剧情中后期的重点。芈姝为了稳固自己子嗣的地位,将芈月的儿子嬴稷作为人质送到燕国,其后,芈姝继位的儿子秦武王嬴荡举鼎而亡,芈月借助义渠的兵力平定内乱,送嬴稷登上王位。夺嫡的残酷,在跌宕起伏之余加重了故事的悲剧色彩。
当然,剧中最缠绵悱恻的莫过于感情线。芈月与青梅竹马恋人子歇(黄轩饰)的故事是该剧的主要线索之一,从二人无奈分别,到子歇为其逃婚,再到二人相遇、反目,片花展现了二人数十年来的复杂情路,从芈月口中的“他是我的前生前世,是我的半条命”到子歇口中的“你已经不是当年的芈月了”,充分展现了一场百转千回的爱情。芈月伐楚之时,旧时恋人黄歇站在楚国的立场上,与她作了政治上的敌人,构成了相爱相杀的最残酷写照,这些放逐大格局下的情感,为《芈月传》书写了深厚的悲悯情怀。