崔尚宫不甘心在竞赛中落败,她处处打击韩尚宫。多病的中宗洗过温泉浴后,无故昏迷,崔判述和崔尚宫灵机一触,诬告是因吃下韩尚宫炮制的硫磺鸭子所致,结果韩尚宫和长今被判定为逆党,被流放到济州岛为官婢,韩尚宫更不幸在途中逝世。在济州岛做官婢的长今,认识了一位名为张德的首医女,并且跟随她学医。之后长今参加朝廷医女训练,以医女身份进入内医院,再次入宫。然而崔尚宫并未放弃陷害长今的机会,千方百计要把她赶出宫,可惜事与愿违。长今终于查清昔日中宗昏迷的真正原因,她大着胆子向中宗请求,为已去世的韩尚宫翻案,亦替被行私刑的母亲洗脱冤情。长今在宫中用心钻研医术,刻苦寻找治疗各种疾病的处方;期间,她治好久医不愈的王后娘娘、亦成功劝勉不肯就医的王太后,庆原大君染上痘疮,性命危在旦夕,长今不惧被传染的危险,细心找出治疗的方法。内医院的医官及医女,渐渐抛开成见,接受长今的医术地位。最后长今凭个人的努力、精湛的医术、无限的爱心和无私的关怀,成为朝鲜王朝第一个女御医,后更被中宗赐名为“大长今”,封为正三品堂上官。